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Autor Thema: [gelöst]  shared object lässt sich nicht öffnen (R) LM19 Cinnamon  (Gelesen 232 mal)

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[gelöst] shared object lässt sich nicht öffnen (R) LM19 Cinnamon
« am: 21.12.2018, 19:45:29 »
Hallo,

ich weiß gar nicht so richtig, wie ich in das Problem einführen soll. Die Installation von RStudio und den benötigten Paketen war schon recht schwierig, siehe hier: http://forum.r-statistik.de/viewtopic.php?f=7&t=1057
Heute kann ich urplötzlich, also ohne etwas am System (wissentlich) verändert zu haben, tmap nicht mehr laden, weil das auf ein shared object nicht mehr zugreifen kann. Neu gestartet habe ich schon.

Beim Laden meines Skripts, das mit folgenden Zeilen, alle Pakete lädt:
# Benötigte Pakete und Daten laden

  # Pakete für die Datenanalyse
  x <- c("reshape2", "ggplot2", "Hmisc")
 
  # Pakete für die Analyse räumlicher Objekte
  y <- c("sp", "rgdal", "tmap", "ncdf4", "rgeos", "ggrepel")
 
  # Pakete installieren - nur einmal erforderlich
  install.packages(x, dependencies = TRUE)
  install.packages(y, dependencies = TRUE)
 
  # Benötigte Pakete in R laden - bei jedem Start erforderlich
  lapply(x,  library,  character.only = TRUE)
  lapply(y,  library,  character.only = TRUE)
  rm(x, y)
 
...bekomme ich folgende Fehlermeldung, wenn das Skript beim Paket tmap ankommt.
Fehler: package or namespace load failed for ‘tmap’ in dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...):
 kann shared object '/home/mp/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.4/sf/libs/sf.so' nicht laden:
  /home/mp/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.4/sf/libs/sf.so: undefined symbol: _ZN10OGRFeature20GetFieldAsDoubleListEiPi

Die Datei sf.so ist aber unter dem spezifizierten Pfad vorhanden. Das Paket sf ist auch noch immer unter der Version 0.6-3 installiert, so wie ich es damals (Link oben) installiert habe).

Jetzt bin ich rat- und hilflos.

Ich danke schon mal für jede Hilfe.


Benutzt wird wie bisher R 3.4.4 und RStudio 1.1.456.
Sicherheitshalber noch mal mein System:
System:    Host: Gert Kernel: 4.19.4-041904-generic x86_64 bits: 64
           Desktop: Cinnamon 3.8.9  Distro: Linux Mint 19 Tara
Machine:   Device: laptop System: HP product: HP Laptop 15-db0xxx v: Type1ProductConfigId serial: N/A
           Mobo: HP model: 84AE v: 86.19 serial: N/A
           UEFI: Insyde v: F.03 date: 04/26/2018
Battery    BAT1: charge: 40.6 Wh 100.0% condition: 40.6/41.0 Wh (99%)
CPU:       Quad core AMD Ryzen 5 2500U with Radeon Vega Mobile Gfx (-MT-MCP-)
           cache: 2048 KB
           clock speeds: max: 2000 MHz 1: 1399 MHz 2: 1304 MHz 3: 1308 MHz
           4: 1405 MHz 5: 1566 MHz 6: 1407 MHz 7: 1410 MHz 8: 1389 MHz
Graphics:  Card: Advanced Micro Devices [AMD/ATI] Vega [Radeon Vega 8 Mobile]
           Display Server: x11 (X.Org 1.19.6 )
           drivers: ati,amdgpu (unloaded: modesetting,fbdev,vesa,radeon)
           Resolution: 1920x1080@60.10hz
           OpenGL: renderer: AMD RAVEN (DRM 3.27.0, 4.19.4-041904-generic, LLVM 7.0.0)
           version: 4.5 Mesa 18.3.0 - padoka PPA
Audio:     Card-1 Advanced Micro Devices [AMD] Device 15e3
           driver: snd_hda_intel
           Card-2 Advanced Micro Devices [AMD/ATI] Device 15de
           driver: snd_hda_intel
           Sound: Advanced Linux Sound Architecture v: k4.19.4-041904-generic
Network:   Card-1: Realtek RTL8111/8168/8411 PCIE Gigabit Ethernet Controller
           driver: r8169
           IF: eno1 state: down mac: <filter>
           Card-2: Realtek RTL8821CE 802.11ac PCIe Wireless Network Adapter
           driver: rtl8821ce
           IF: wlo1 state: up mac: <filter>
Drives:    HDD Total Size: 1256.3GB (15.2% used)
           ID-1: /dev/nvme0n1 model: SK_hynix_BC501_HFM256GDJTNG size: 256.1GB
           
           ID-2: /dev/sda model: HGST_HTS541010B7 size: 1000.2GB
Partition: ID-1: / size: 175G used: 69G (42%) fs: ext4 dev: /dev/nvme0n1p5
RAID:      No RAID devices: /proc/mdstat, md_mod kernel module present
Sensors:   System Temperatures: cpu: No active sensors found. Have you configured your sensors yet? mobo: N/A gpu: 51.0
Info:      Processes: 258 Uptime: 18 min Memory: 1775.7/7691.1MB
           Client: Shell (bash) inxi: 2.3.56
Die Frage habe ich auch schon im R-Forum gestellt, dort dürfte die Kenntnis in Sachen Linux aber nicht so groß sein. Der Beitrag findet sich hier: http://forum.r-statistik.de/viewtopic.php?f=7&t=1199
Edit: Das Problem ist identisch für den Befehl library(sf).
« Letzte Änderung: 22.12.2018, 11:24:27 von Hufeisen »

Re: shared object lässt sich nicht öffnen (R) LM19 Cinnamon
« Antwort #1 am: 22.12.2018, 11:25:31 »
Problem gelöst, siehe mein Thread im R-Forum (Link im ersten Beitrag). TLDR: Problemursache unbekannt, Lösung Paket sf löschen und neu installieren.