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Ich vermute mal, dass manche Programme schauen, ob sie schon laufen und dann nur ein neues Fenster öffnet oder ob eben eine komplett neue Instanz eines Programms gestartet wird. Bei manchen Programmen kann man das evtl. über Parameter mitteilen wie sie sich verhalten sollen, doch vermutlich bei den wenigsten.
Linux Mint 20 mit Gnome 3.38.3